Al mismísimo Ignacio de Loyola le solicitó el Obispo de Calahorra en 1551, que fundara un colegio en Bilbao para evitar las influencias religiosas de muchas de las personas que habitaban en la villa, procedentes de países con creencias luteranas.
Pero, no fue hasta 1604 que los jesuitas recalaron en Bilbao, concretamente en el Colegio San Andrés, actual Museo Vasco.
Casi tres siglos después se fundó el primer centro universitario dirigido por esta orden religiosa: La Universidad de Deusto.
Los años transcurrían y seguía Bilbao sin contar con un centro de Bachillerato de jesuitas.
Finalmente, fue un industrial de origen italiano, Don José Román de Moronati y Zuazo quien alentó a la compañía religiosa a fundar un colegio.
Para llevar a cabo este proyecto convenció a su suegro Don José Allende y Plágaro para que cediera unos terrenos de su propiedad en Indautxu, cuya superficie total era de 12 450 metros cuadrados.
Esta zona, en aquella época, se situaba en las afueras de Bilbao donde gran parte de la alta sociedad bilbaína poseía elegantes chalets.
En este nuevo ensanche de la villa se instalaron, además, un velódromo, una plaza de toros (más o menos en la actual plaza de Indautxu), el campo de fútbol de San Mamés y los cuarteles de Garellano, entre otros.
La primera piedra del Colegio se colocó el 18 de agosto de 1924. A este acto acudió el Prepósito General de la Compañía de Jesús, el Padre Lechodowsky.
Desafortunadamente, aquel proyecto del arquitecto José María Basterra, no se pudo completar (solo la iglesia se inauguró el 20 de abril de 1930) ya que hubo un decreto por el que el Gobierno Republicano interrumpió el 24 de enero de 1932 toda actividad referente al colegio que pasó a manos de autoridades civiles.
Sin embargo, los padres Acha y Sagarminaga junto con muchas familias bilbaínas, consiguieron impartir clases en varios lugares de Bilbao como el Campo Volantin, Botica Vieja o en la calle Gardoqui.
Incluso en un chalet anexo al palacio Chávarri, actual Subdelegación del Gobierno.
A partir del curso 1937-1938 se trasladaron a su actual ubicación que, desde entonces, tuvo varias ampliaciones debido al gran número de alumnos.
