A pesar de que la más conocida de las tres sedes oficiales de las Juntas Generales de Bizkaia es la de Gernika, existen también la de Gerediaga y la de Abellaneda. En la Edad Media, a las reuniones para tratar temas importantes del territorio, asistían numerosas personas. Posteriormente, se modificó el sistema nombrando a un solo representante de cada concejo, villa o república. La comarca de las Encartaciones formaba parte del Señorío de Bizkaia, aunque conservaba una oportuna independencia política que suscitaba muchos conflictos entre esta corporación y la de Gernika que, poco a poco, fueron dirimiendo.

En el siglo XIV, las juntas de los representantes de los concejos de la comarca de las Encartaciones se celebraban a la intemperie en una campa cercana a la Torre Abellaneda, hasta que en el siglo XVI se erigió una primera sede que constaba de dos plantas: la de abajo que se utilizaba como cárcel y la de arriba la de las juntas. Décadas más tarde, concretamente en 1635, se construyó un caserío en forma de cubo a cuatro aguas. A lo largo del tiempo fueron varias las remodelaciones o ampliaciones que se realizaron como: la casa del teniente del Corregidor y la posada de los junteros. También se abrieron más ventanas y se levantaron más almenas.

En la primera década del siglo XIX el edificio fue abandonado tras eliminar las juntas en esta sede e incorporarse las villas de la comarca al Señorío de Bizkaia, trasladando las reuniones a la casa de Juntas Generales de Gernika.

En 1994 se inauguró, en este edificio, el Museo de las Encartaciones. Fueron necesarias importantes reformas para adaptar los espacios y convertirlos en salas de exposiciones en las que se muestran objetos sobre la historia y el desarrollo de la comarca desde la prehistoria hasta la mitad del siglo XIX. Este museo, además, dedica su labor al estudio y a la difusión de todo lo concerniente a la historia, al arte y al patrimonio encartado. Para ello cuentan con un amplio programa de actividades culturales y pedagógicas; así como visitas guiadas y rutas por el entorno.